@celsoft
Если в адресе сайта указано "/" и включён HTTPS, то в Canonical ссылки будут на HTTP версию.
Проблемный кусок в engine.php в котором нет проверки на наличие HTTPS:
if ($canonical) {
if (strpos($canonical, "//") === 0) $canonical = "https:".$canonical;
elseif (strpos($canonical, "/") === 0) $canonical = "http://".$_SERVER['HTTP_HOST'].$canonical;
$metatags .= "\n<link rel=\"canonical\" href=\"{$canonical}\">";
}