У меня была подобная ситуация. Обращение в гугл-яндекс ничего не решило, думал из индекса они уберут клон.
Решил проблему с помощью скрипта. Он блокировал отображение моего контента с НЕ моего домена. То есть, если мой сайт пытаются клонировать на другом домене отображался специальный контент (я страничку создал с не очень добрым приветствием), а так же robots.txt подбрасывал им другой. Таким образом выбил клон из индекса поисковиков. Правда давно это было, года 3-4 назад может уже что-то и изменилось.