Движок не работает на новых конфигурациях Apache

[AnteFil 3]

В Apache 2.2 используются директивы Allow, Deny и Order однако в версии Apache 2.4 это приводит к ошибкам сайт перестаёт работать. На данный момент я просто удалил все .htaccess можно ли решить проблему централизовано? 

[celsoft 6260]

Можно. Потому как ваше утверждение неверно. Все работает в Apache 2.4. Вы лишь просто не установили для него соответствующий модуль. Апач модульная система и нужно просто подключить соответствующие модули.