У вас эта проблема из-за способы вывода поиска как такогого,потому что скрипт который вы вырезали должен быть между тегами <form>...</form> и как итог не вырезанный скрипт "ломает" ваш стиль,а вы сами его сломали выводом формы поиска.То есть вы сделали красивую форму поиска и что-то где-то в коде накосячили,поэтому и не спите 4 ночи...