Во первых никакой cron.php удалять и чистить не нужно, вы заставляете делать DLE лишнюю тяжелую работу в дальнейшем, в которой нет необходимости.
Во вторых ключевое это:
А теперь посмотрите на ваш код вашего стороннего модуля. Где вы в нем инициализировали и подключились к использованию этих хранилищ? Нигде. Вы оперируете лишь функциями очистки кеша, но никакие хранилища кеша не заданы, соответственно они лишь оперируют с файловым кешем по умолчанию, а DLE хранит их совершенно в другом месте.
Направление я вам дал, думаю теперь вам понятно в чем проблема. Готовых модулей и ре