Ну как же не действуют. Настройка "Запрещенные для просмотра категории" же работает с тегом custom? Значит действуют какие-то настройки, что, впрочем, хорошо видно в коде функции custom_print.
Вот условие, зависит от настройки групп пользователей
$allow_list = explode( ',', $user_group[$member_id['user_group']]['allow_cats'] );
if( $allow_list[0] != "all" AND !$user_group[$member_id['user_group']]['allow_short'] ) {
и ниже
$not_allow_cats = explode ( ',', $user_group[$member_id['user_group']]['not_allow_cats'] );
if( $not_allow_cats[0] != "" ) {
То есть действуют