Таблица лидеров

Это PHP сессии а не MySQL. И MySQL тут не причем. PHP создает одну сессию на одного посетителя. Поэтому если у вас тысячи новых файлов в минуту, то это тысячи реальных обращений к сайту от разных клиентов. То есть DDOS. По логам сервера блокируйте в файерволле IP тех кто досит или подключайте сервисы защиты от DDOS атак Не правильно понимаете. В момент очистки вы просто удаляете служебных файл MySQL и поэтому получаете ошибку от MySQL сервера.

Какими именно сессиями? PHP сессиями? Если да, то одна сессия на одного посетителя создается сервером, поэтому смотрите логи сервера, может у вас банальный DDOS.