Первый вариант. Ставите версию DLE от которой у вас бекап как чистую, проверяете работу, что все в порядке, потом по инструкции обновляетесь до актуальной.
Второй вариант. Открываете файл install.php из дистрибутива актуальной версии, и для каждой таблице вручную сравниваете ключи которые заданы в этом файле для таблиц, со своей таблицей на сервере. Имена, составные части и т.д. И в PHP MyAdmin исправляете и прописываете все ключи вручную. Этот варинат требует хороших знаний MySQL